台海站以厦门大学“海洋2号”（76吨）科考船为支撑，每年开展九龙江口-厦门湾季度航次，获取九龙江口-厦门湾水文、生源要素、水化学、生物等多学科综合参数集，搭建河海界面多学科交叉研究平台，共同推进河海界面生物地球化学过程、生态过程和环境效应等研究。

观测项目按物理要素、化学要素、底质生化要素、生物要素（浮游植物、浮游动物、底栖生物、微生物）设置。九龙江口-厦门湾为人类活动密集海域，人口密度和经济活动强度为台湾海峡各海湾中最强区域，人为干扰较为严重，因此增加环境污染物相关参数的观测，如多环芳烃、有机氯化合物、抗生素和微塑料。