厦门大学从1987年至今，跨30余年的时间，在台湾海峡、东山湾、厦门湾以及漳江口红树林区进行了水文气象、底质、化学、生物多要素的综合航次观测和定点采样及自动化观测，建立了台湾海峡上升流生态系统、海湾生态系统、湿地生态系统等3个生态系统观测数据库，共含13个数据集。
| 数据库名称 | 包含数据集 | 起始时间 | 观测频率 |
| 台湾海峡上升流生态系统数据库 | 水文水质数据集 底质要素数据集 气象要素数据集 生物要素数据集 合约40多个观测要素 | 1987-2011 2012-至今 | 非逐年观 测频率：1-2次/年 逐年连续观 测频率：2-3次/年 |
| 海湾生态系统数据库 | 水文水质数据集 底质要素数据集 气象要素数据集 生物要素数据集 合计50多个观测要素 | 2008-至今 | 逐年连续观测 频率：1次/季度 |
| 湿地生态系统数据库 | 水文水质数据集 蓝碳数据集 通量观测数据集 生物多样性数据集 遥感光谱观测数据集 合计50余个观测要素 | 2008-至今 | 逐年连续观测 频率：1次/季度及以上 |