1920年代

厦门大学成立之初，即开始厦门及周边海域生物调查，其中文昌鱼研究发表于《Science》

1930年代

厦门大学成立了海产生物研究场，是中国首批海洋生物研究站之一，对台湾海峡近岸海域海洋生物及生境开展调查研究并出版了系列《海产生物学集刊》

1980年代末

厦门大学开展台湾海峡上升流生态系统与渔业资源变动调查与研究，出版了我国第一部上升流生态系统研究《闽南-台湾浅滩渔场上升流生态系研究》。

1990年代

在林鹏院士的带领下，厦门大学开始在漳江口红树林的调查和研究工作。

2002年

厦门大学作为福建省863示范区项目的主要技术支撑单位，构建了国内领先且最早业务化运行的海洋环境实时立体监测和海洋防灾减灾专题应用系统-台湾海峡立体监测与防灾减灾体系。

2008年8月

厦门大学漳江口红树林湿地生态系统定位站正式建立，通量涡度塔投入使用，并开展监测与研究工作。

2010年至今

厦门大学作为主要参加单位，组织与开展国家自然科学基金委的台湾海峡共享航次。

2011年4月

太古集团慈善信托基金决定捐资560万元，资助厦门大学东山实验场的建设

2012年10月

东山实验场举行奠基仪式，正式落户东山县。

2012年12月

漳江口实验场获批成为“国家理科野外实践教育共享平台”首批32个基地之一和福建省“大学生校外实践教育基地”。

2017年6月

东山实验场综合实验楼一期建成并正式启用

2018年12月

东山实验场和漳江口实验场正式获批为福建省野外科学观测研究台站

2019年3月

漳江口实验场大楼开工建设

2019年8月

台海站获批成为教育部野外台站

2021年7月

漳江口实验场大楼建成并正式启用

2021年10月

台海站正式获批国家级野外台站