台海站拥有“海峡-海湾-河口”连续地理单元，得天独厚的地理条件，加上相对完备的科研设施，使之成为厦门大学以及同行高校、科研院所等重要的教学、科研和实践基地，先后获批“福建红树林生物学野外实践教育基地”“NSFC国家理科基础科学科研与教学人才培养基地（生物学）”“福建省教育厅、共青团福建省委‘福建省大学生社会实践基地’”。

每年7-8月的小学期期间，台海站为厦门大学海洋与地球学院、环境与生态学院约400余名师生提供野外综合实习后勤保障工作。两院师生以台海站两个实验场为基地，开展丰富多彩的生产实训活动，包含专题讲座、研究生论坛、现场调研、海上调查等。

此外，迄今台海站已先后服务北京大学深圳研究生院、中山大学等在台海站实验场开展生产实习和实践活动，每年超过300名来自各大高校本科生到站开展生产实习与课程实践。