东山实验场建立了流通式高质量过滤海水和原位海水供应系统，以满足各种实验与研究的需要，支持海洋生态模拟实验、珊瑚培育实验、中尺度气候变化模拟实验、海洋学现场仪器测试等研究，构建不同规模的海水培养系统、环境室内模拟系统，可在实验室内根据控制气候及其变化的基本规律，在模拟条件下进行海洋生态与海洋生物地球化学过程的室内研究。